Мы придерживаемся следующей позиции:
Упомянутые в вопросе программы для ЭВМ являются самостоятельными результатами интеллектуальной деятельности.
Обоснование:
Согласно п. 1 ст. 1262 ГК РФ правообладатель в течение срока действия исключительного права на программу для ЭВМ может по своему желанию зарегистрировать такую программу в федеральном органе исполнительной власти по интеллектуальной собственности (Роспатент).
Заявка на государственную регистрацию программы для ЭВМ должна относиться к одной программе для ЭВМ и содержать заявление о государственной регистрации программы для ЭВМ с указанием правообладателя, а также автора, если он не отказался быть упомянутым в качестве такового, места жительства или места нахождения каждого из них, а также депонируемые материалы, идентифицирующие программу для ЭВМ, включая реферат (п. 2 ст. 1262 ГК РФ). На основании заявки на регистрацию Роспатент проверяет наличие необходимых документов и материалов, их соответствие вышеуказанным требованиями при положительном результате вносит программу для ЭВМ в Реестр программ для ЭВМ, выдает заявителю свидетельство о государственной регистрации, публикует сведения о зарегистрированных программе для ЭВМ в официальном бюллетене (п. 3 указанной статьи).
Порядок государственной регистрации программ ЭВМ утвержден приказом Министерства экономического развития РФ от 5 апреля 2016 г. N 211 (далее - приказ). Ни указанный порядок, ни положения ГК РФ не предусматривают возможности внесения изменений в сведения о зарегистрированной программе для ЭВМ в связи с переработкой такой программы. Пункт 5.1 ст. 1262 ГК РФ и некоторые положения приказа указывают на возможность внесения в Реестр программ для ЭВМ и свидетельство о государственной регистрации лишь таких изменений, которые относятся к сведениям о правообладателе и (или) об авторе программы для ЭВМ, в том числе к наименованию или имени правообладателя, его месту нахождения или месту жительства, имени автора, адресу для переписки, а также изменений, связанных с исправлением очевидных и технических ошибок. Однако информация и документы, идентифицирующие зарегистрированную программу для ЭВМ (в том числе депонируемые материалы, включая реферат), по смыслу утвержденных приказом Правил оформления заявки на государственную регистрацию, Правил составления документов и Порядка государственной регистрации после государственной регистрации программы для ЭВМ остаются в неизменном виде.
Переработка произведения, включая программу для ЭВМ (п. 1 ст. 1259 ГК РФ), представляет собой один из способов использования произведения. Результатом переработки является возникновение производного произведения, то есть нового объекта авторских прав. Под переработкой (модификацией) программы для ЭВМ понимаются любые ее изменения, в том числе перевод с одного языка на другой язык, за исключением адаптации, то есть внесения изменений, осуществляемых исключительно в целях функционирования программы для ЭВМ на конкретных технических средствах пользователя или под управлением конкретных программ пользователя (подп. 9 п. 2 ст. 1270 ГК РФ, п. 87 постановления Пленума Верховного Суда РФ от 23 апреля 2019 г. N 10 "О применении части четвертой Гражданского кодекса Российской Федерации").
Если в рассматриваемой ситуации доработанная программа для ЭВМ зарегистрирована, то есть сведения о ней включены в реестр в качестве новой записи (смотрите п. 9 Порядка государственной регистрации), обе упомянутые в вопросе программы должны рассматриваться как самостоятельные объекты интеллектуальной собственности. При этом факт государственной регистрации доработанной программы для ЭВМ никак не влияет на судьбу первоначально зарегистрированной (исходной) программы. Последняя продолжает существовать как самостоятельный объект интеллектуальной собственности. Исключительным правом на каждую из упомянутых в вопросе программ для ЭВМ правообладатель может распоряжаться по своему усмотрению любым не противоречащим закону способом. Сделка по распоряжению исключительным правом на одну их этих программ никак не затрагивает прав на вторую программу. В частности, отчуждение исключительного права на первую программу не повлечет перехода исключительного права на вторую.